小規模ギャラリーを開業する際の内装工事費用として、『内装・照明・空調』のどれを優先すべきか、配分の目安はありますか？

展示するものの価値にもよりますが、基本的には気密性、調湿性などに最低限の注意を払わないと、作品の価値を毀損することになります。作品を守るために、空調というか換気など、リスクとなる害虫をシャットアウトしたり、やみくもに水分を流入させることがないようにしなければならないと考えます。
ここを基本の“キ”として、見せ方の照明演出も大切と言えます。
内装は、作品の邪魔をしなければ、特にこだわらなくて大丈夫かと思います。

ギャラリーの内装デザインは最低限で問題ありません。
あくまでも内装は補助的、箱の役割と考えるのがベストです。

そして照明と空調についてですが、居心地の良さ、長時間滞在が前提であれば空調に力を入れる。
演出として必要な照明とのバランス（導線やアクセントなど）を考えるのが最重要です。

上記の配分例でいくと
内装：2
照明：3
空調：5
となります。

ただし、あまりにも空調に目が行くと予算オーバーなんてことも考えられるため、
内装：3
照明：3
空調：3
を基準に、展示物や物件の間取り、演出などによりどこに1を足すのかをデザイナーと考えるのがもっとも良い結果になると思います。