バーを開業する際、「動線」と「居心地」を両立させるために、設計・内装工事の段階で確認すべきポイントはありますか？

バーの施工経験より照明演出は比較的暗く、テーブルやボトルなどピンポイントでの演出が求められます。そのため、天井高や通路幅、テーブル幅等へ注意し拡散をしない・させない照明器具を選ぶことが居心地の良さにつながると考えます。
また、間接照明のみで通路や足元を照らすことで、動線をはっきりさせながら雰囲気良い演出が可能となります。

導線には、サービス導線と、お客さま導線、搬入(搬出)経路の3種があるはずです。

おっしゃっているのは、サービス導線の事だと思います。
設計者から平面レイアウトができあがってきたら、バーテンはどこに立ちますか？
ボトルはどこから手に取るか、氷は？水は？グラスは？とお酒を作る順番どおりに質問してみてはいかがでしょうか？

居心地に関して、VIPの方が来店されたらどこに座って貰えばいいですか？男女ペアで来店したら？訳ありかっぷるだったら？　　とお客さまを変えて質問してみてください。

あなたならどこに座ってお酒飲むのですか？、それはなぜですか？と質問すればだいぶ、そのデザイナーがなにを考えてレイアウトしているかわかると思います。

カウンターバーがオペレーションしやすく、お客様の邪魔もしない為、カウンターの位置を最も重視します。入口の位置から、お客様の導線を熟考し、お客様の出入りが、別のお客様の導線を絶対に邪魔することのないように配慮することが重要となります。