料理を運ぶ時のオペレーションの問題と各フロアのコンセプトを明確にしたデザインを行う事だと思います。ダムウェーターを設置できれば運搬の問題は解決されると思いますが、そうでない場合には厨房からの出口と階段の位置を近づける事や、各階でパントリーを設ける（ダムを設置した時も）などの工夫が必要かと思います。デザインは各階ともに業態が同じであれば、各フロア毎に客席の形態を変えるなど、どの階に行っても新鮮で様々なニーズに答えられるようにしておくと良いと思います。

設計上一番に気に掛ける必要がありますのは、非常経路の確保となります。
複数階を予定される改装にもより条件が異なりますので、設計・デザイナーにご相談頂く事をお勧め致します。

こんにちわ。

複数階の居酒屋で学生の頃アルバイトしたことがありましたが、何といっても配膳が大変でした。ということは、その縦動線（階段など）をどうクリアにするかは重要かなと思います。
思いお皿やドリンクを持って上下するのはとても大変でした。
また、階段などでお客様とすれ違うこともあり、危なかったこともあります。
ですのでオペレーションとして設備やスタッフが働きやすい環境を整えてあげることが重要ではないでしょうか。

また複数階にするとそれだけ人件費も掛かりますね。設備で賄えるところ賄えるようにしてはどうでしょうか。イニシャルコストは高くつきますが、ランニングコストを考えると割安になることもありますので、そういった検討をしてみてください。
ご参考になれば。

お客様よりもスタッフが登り降りしやすい階段の造りが良いかと思います。
お出かけになった際にいろいろなところの階段を実際に登り降りしてみて、段の高さや奥行きを調べてみるのも面白いかもしれません。

実際に経験させて頂いた経験からすると、お客様よりスタッフの導線の負担の方が大きいので、ダムウエーターを設置するなど、極力負担を減らすことを計画されることをお勧めします。

実際に多階層店舗で働いた経験があればこれがどれほどスタッフの負担かわかるのですが、まず各階に必ず専用パントリーを備える必要があります。極力スタッフの上下移動が必要ない設計と運営準備が必要です。リフトも必須と言えます。
建物の造りにもよりますが、来店客と退店客、スタッフの動線が交差するであろう階段（またはエレベーター）の設計もきちんと考えておかなければあらゆるタイミングで「待ち」が生じやすくなり、顧客からすればストレスの多い店となってしまいます。
しかしうまくそうした多階層店舗のリスクを解消し、階ごとの演出などが表現できれば、様々なシチュエーションに対応できる飽きの来ない店にすることも可能だと思います。