先ずは フランチャイズ本部のルールブック・契約書等の、出せる範囲の提示ですね。
事前に守秘義務遵守契約の締結を行なう事は当然ですが。
続いて、当該加盟店の設計・デザインの自由度の確認ですね。
本部からの制約がどれ程有るのか？ 加盟店独自の表現をどれ程出せるか？の確認検討が大事ですね。
それ等を踏まえて店舗デザイナー・設計者と進めて行くのが良いと思います。

まずは、FC本部で定められている仕様を書面で頂いてください。
マテリアルやロゴなど、統一しようがあるものはFC出店の場合は、厳守しなければなりません。

実際にフランチャイズ本部の仕事をしていた経験から言いますと、大手の場合は特にかなり細かい所までルールで決まっていると思います。
指定の業者、仕上げ材、家具、備品等の有無はかなりコストに跳ね返ってきますので、デザイン会社との商談以前にフランチャイズ契約時に確認した方がいいかと思います。

フランチャイズの場合は、FCオーナーさまの意見を反映して良い部分と本社の決まりがある部分がありますので、その区分を最初に伺っていた方がその後の打ち合わせがスムーズです。

厨房の機材選定や動線など、サービスに纏わる取り決めを
事前に確認しておくと、レイアウトも決めやすく、打合せがスムーズです。

FC本部の取り決めるレギュレーションを理解し、参考になる過去店舗の図面資料や他業者見積など補足資料を揃えると良いでしょう。商談先のデザイン会社も理解が早まり、お店の完成イメージを相互で早期共有できて、より具体的な商談が進められると思います。

最初の１店舗目は一般的なデザイン・設計料で問題ないかと思いますが、２店舗以降の設計や費用をどうするかを決めておいた方がベターと考えます。