京都だけでなく多くの市町村で外装制限や条例があります。
先ずは設計事務所と一緒に役所へ出向き内容を詳しく確認した上で、
デザインで解決策を導き出して下さい。

まずは制限内容確認する必要があると思いますので、設計会社等知識のある人間と地域の役所に行くことをお勧め致します。

店舗のコンセプトがあるので外観がどうしても制限で難しい場合はガラス内で意匠を表現する

外装制限は多くの場合、明確な文言で書かれていないことが多いので、役所とクライアントと設計事務所で話し合いの機会を設ければ、解決策が生まれることもあります。

制限があることは逆にいいことです。周辺の建物も同じ条件で建てられています。重要になるのは、どういったことをデザインによって実現したいかです。漠然としたイメージや雰囲気でも結構です。根本的に何を得たいかの信念をブレずに持つことだと考えます。